使用BD流式細胞儀分析的主要目的在于區(qū)分細胞對于檢測指標(biāo)是陽性還是陰性，或計算陽性細胞與陰性細胞的比例。這就需要準(zhǔn)確的儀器設(shè)置及良好的實驗重復(fù)性，分析時運用恰當(dāng)對照及分析方法。各種不同的流式細胞儀實驗需要不同的陰性對照，因而也是一些爭論及討論的焦點。

　　在BD流式細胞儀實驗中為基礎(chǔ)的問題是哪些染色的細胞是陽性或陰性，或?qū)τ谀骋粯?biāo)志物陽性細胞或陰性細胞的比例是多少。要回答這個問題需要仔細調(diào)節(jié)儀器并使用對照品。

　　首先，探測器的增益需調(diào)節(jié)準(zhǔn)確從而獲得佳的靈敏度，熒光補償必須設(shè)置正確，從而避免出現(xiàn)虛假或不必要的錯誤結(jié)果。

　　第二，對于沒有明顯雙峰分布（陽性峰）的樣本，需要做設(shè)門對照。在某些情況下，生物比較樣本（如未刺激的細胞）可提供佳的設(shè)門對照來決定細胞陽性范圍。在某些不可能獲得生物比較樣本的情況下，可使用同型對照或FMO對照。以上這些并不是所有的選擇，選擇何種方式取決于是熒光滲漏或抗體非特異性結(jié)合對實驗的影響大小。初，可通過檢測多種對照來決定哪一個更適合于定義陽性、陰性界線。在任何實驗中都須避免因為沒有充分考慮而使用不恰當(dāng)?shù)膶φ掌贰猿质褂媒?jīng)實驗證明的設(shè)門方法將有助于標(biāo)準(zhǔn)化BD流式細胞儀分析項目來解答重要的臨床問題。